Fragen mit dem Tag [snakemake]

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Emacs-Modus für snakemake?
Veröffentlicht am 15/06/2013 um 20:08
vom benutzer user2489449
Veröffentlicht am 11/08/2015 um 10:03
vom benutzer Marcel M
Veröffentlicht am 24/08/2015 um 10:52
vom benutzer rioualen
Veröffentlicht am 31/08/2015 um 14:40
vom benutzer rioualen
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537
Immer laufen Regel in Snakefile (snakemake)
Veröffentlicht am 08/04/2016 um 10:05
vom benutzer Chris
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202
Pipeline Programmierung parallel
Veröffentlicht am 17/06/2016 um 18:21
vom benutzer VickiT05
Veröffentlicht am 21/06/2016 um 20:27
vom benutzer VickiT05
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776
Re-write schreibgeschützte Datei
Veröffentlicht am 29/06/2016 um 13:04
vom benutzer VickiT05
Veröffentlicht am 08/07/2016 um 07:49
vom benutzer The Unfun Cat
Veröffentlicht am 26/10/2016 um 11:12
vom benutzer bli
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466
Wie ein Teil erweitert in Snakemake zu tun?
Veröffentlicht am 03/11/2016 um 09:37
vom benutzer bli
Veröffentlicht am 09/11/2016 um 15:19
vom benutzer bli
Veröffentlicht am 09/11/2016 um 15:53
vom benutzer user3213137
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Snakemake: Name Regel statt Zieldatei
Veröffentlicht am 10/11/2016 um 23:08
vom benutzer blaurent
Veröffentlicht am 13/11/2016 um 10:13
vom benutzer Stephan
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237
Zugriff auf Log-Dateien von snakemake Regeln erstellt
Veröffentlicht am 15/11/2016 um 05:49
vom benutzer Andreas
Veröffentlicht am 18/11/2016 um 00:27
vom benutzer olala
Veröffentlicht am 18/11/2016 um 21:04
vom benutzer olala
Veröffentlicht am 21/11/2016 um 02:28
vom benutzer Andreas
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Verhindern snakemake aus machen Ausgabeverzeichnis
Veröffentlicht am 21/11/2016 um 21:36
vom benutzer Harold
Veröffentlicht am 22/11/2016 um 15:39
vom benutzer Andreas
Veröffentlicht am 23/11/2016 um 16:43
vom benutzer fitziano
Veröffentlicht am 25/11/2016 um 10:27
vom benutzer blaurent
Veröffentlicht am 02/12/2016 um 16:09
vom benutzer bli
Veröffentlicht am 02/12/2016 um 21:40
vom benutzer olala
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Aktuelle Regel Name in Snakemake
Veröffentlicht am 05/12/2016 um 13:59
vom benutzer glihm
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Snakemake: entfernen Ausgabedatei
Veröffentlicht am 06/12/2016 um 13:30
vom benutzer blaurent
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363
Die Wiederverwendung von in der Regel in Snakemake
Veröffentlicht am 06/12/2016 um 16:17
vom benutzer glihm
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Installieren snakemake ohne Internet
Veröffentlicht am 11/12/2016 um 18:36
vom benutzer MichelleN
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Snakemake + tmux
Veröffentlicht am 11/12/2016 um 19:26
vom benutzer domino55
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snakemake LSF Fragen
Veröffentlicht am 13/12/2016 um 12:38
vom benutzer naamako
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Snakemake best practice für Demultiplexing
Veröffentlicht am 14/12/2016 um 05:57
vom benutzer kdmurrray91
Veröffentlicht am 16/12/2016 um 13:31
vom benutzer bli
Veröffentlicht am 20/12/2016 um 19:57
vom benutzer Jon
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Definition von Funktionen für Geany „Dateityp“
Veröffentlicht am 04/01/2017 um 13:59
vom benutzer Gil Hornung
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299
Mit Regex in snakemake Platzhalter
Veröffentlicht am 04/01/2017 um 14:07
vom benutzer rioualen
Veröffentlicht am 12/01/2017 um 17:49
vom benutzer vtrubets
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Weltweit Last R Bibliotheken in Snakemake
Veröffentlicht am 13/01/2017 um 17:01
vom benutzer Zuup
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Wie das Arbeitsverzeichnis Pfad zu bekommen?
Veröffentlicht am 16/01/2017 um 11:52
vom benutzer rioualen
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Batch-Verarbeitung: GNU-make, Snakemake oder was?
Veröffentlicht am 17/01/2017 um 13:55
vom benutzer Robyc
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453
verwenden, um mehrere Parameter in snakemake
Veröffentlicht am 20/01/2017 um 16:16
vom benutzer Kam Sen
Veröffentlicht am 27/01/2017 um 16:40
vom benutzer Zuup
Veröffentlicht am 15/02/2017 um 16:08
vom benutzer bli
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Snakemake: mit regex in expand ()
Veröffentlicht am 21/02/2017 um 10:44
vom benutzer Zuup
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246
Snakemake: MissingInputException in snakemake Pipeline
Veröffentlicht am 06/03/2017 um 15:42
vom benutzer Mesmer
Veröffentlicht am 08/03/2017 um 15:27
vom benutzer Veera
Veröffentlicht am 16/03/2017 um 14:21
vom benutzer bli
Veröffentlicht am 16/03/2017 um 15:36
vom benutzer lvw
Veröffentlicht am 17/03/2017 um 07:55
vom benutzer Kolja
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`Block in snakemake Reset Config-Wert run`?
Veröffentlicht am 22/03/2017 um 05:56
vom benutzer RNA
Veröffentlicht am 24/03/2017 um 18:18
vom benutzer Veera




Veröffentlicht am 28/03/2017 um 15:14
vom benutzer lvw
Veröffentlicht am 30/03/2017 um 16:51
vom benutzer crazyhottommy
Veröffentlicht am 10/04/2017 um 16:01
vom benutzer Zen
Veröffentlicht am 12/04/2017 um 15:00
vom benutzer msakya
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63
Snakemake: Proben mit Unterpunkten, wie sie fangen?
Veröffentlicht am 07/05/2017 um 14:43
vom benutzer hetica
Veröffentlicht am 11/05/2017 um 11:22
vom benutzer tdido
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Snakemake SGE Cluster Submission Ausgabe
Veröffentlicht am 16/05/2017 um 20:56
vom benutzer x.Doan
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47
Erste Sequenz basierend auf Locus-Tag-ID - SnakeMake
Veröffentlicht am 23/05/2017 um 10:03
vom benutzer Anna Jeanine
Veröffentlicht am 25/05/2017 um 01:54
vom benutzer TBoyarski
Veröffentlicht am 25/05/2017 um 08:22
vom benutzer user3015703
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88
Mit pyenv in einer snakemake Regel
Veröffentlicht am 01/06/2017 um 19:55
vom benutzer rbrisk
Veröffentlicht am 08/06/2017 um 00:02
vom benutzer TBoyarski
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MissinOutputException in snakemake
Veröffentlicht am 09/06/2017 um 08:32
vom benutzer Jokhe
Veröffentlicht am 15/06/2017 um 07:23
vom benutzer user3015703
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Thread.py Fehler snakemake
Veröffentlicht am 18/06/2017 um 14:35
vom benutzer user3015703
Veröffentlicht am 22/06/2017 um 14:24
vom benutzer user3015703
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108
Wie cluster_config dict in der Regel zugreifen?
Veröffentlicht am 27/06/2017 um 16:52
vom benutzer Jon
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80
Bleiben Sie auf Remote-S3 RemoteProvider
Veröffentlicht am 27/06/2017 um 16:56
vom benutzer K.Lai
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467
dynamische Ausgabe in snakemake
Veröffentlicht am 29/06/2017 um 01:16
vom benutzer ate50eggs
Veröffentlicht am 04/07/2017 um 14:04
vom benutzer Alexandre.S
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Snakemake: Wrapper-Befehlsprotokollierung
Veröffentlicht am 12/07/2017 um 01:04
vom benutzer sebio
Veröffentlicht am 14/07/2017 um 21:26
vom benutzer Bruno Grande
Veröffentlicht am 21/07/2017 um 20:09
vom benutzer Vivek-Bh
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snakemake yaml configuation für gepaarten BWA align
Veröffentlicht am 25/07/2017 um 13:13
vom benutzer mau_who
Veröffentlicht am 26/07/2017 um 16:58
vom benutzer bli
Veröffentlicht am 28/07/2017 um 13:34
vom benutzer bli
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verketteten Parameter in SnakeMake
Veröffentlicht am 28/07/2017 um 21:18
vom benutzer tedtoal
Veröffentlicht am 01/08/2017 um 16:20
vom benutzer mau_who
Veröffentlicht am 03/08/2017 um 02:20
vom benutzer TBoyarski
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64
Wo berichten Vorschläge für SnakeMake
Veröffentlicht am 03/08/2017 um 18:51
vom benutzer tedtoal
Veröffentlicht am 03/08/2017 um 20:34
vom benutzer tedtoal
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snakemake Platzhalter oder Befehl erweitern
Veröffentlicht am 04/08/2017 um 13:49
vom benutzer mau_who
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snakemake Zugriffs config in Ausgangs
Veröffentlicht am 04/08/2017 um 18:16
vom benutzer Matt
Veröffentlicht am 07/08/2017 um 18:44
vom benutzer tedtoal
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Wie wird snakemake Skriptnamen zugegriffen?
Veröffentlicht am 07/08/2017 um 22:33
vom benutzer tedtoal
Veröffentlicht am 08/08/2017 um 16:39
vom benutzer Zuup
Veröffentlicht am 08/08/2017 um 20:09
vom benutzer tedtoal
Veröffentlicht am 09/08/2017 um 10:37
vom benutzer mau_who
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Snakemake: dynamic + nicht dynamischer Ausgang
Veröffentlicht am 09/08/2017 um 20:10
vom benutzer Sean Colby
Veröffentlicht am 10/08/2017 um 08:09
vom benutzer bli
Veröffentlicht am 10/08/2017 um 12:33
vom benutzer rioualen
Veröffentlicht am 10/08/2017 um 23:44
vom benutzer tedtoal
Veröffentlicht am 16/08/2017 um 13:56
vom benutzer tdido
Veröffentlicht am 17/08/2017 um 06:39
vom benutzer Jan Schreiber
Veröffentlicht am 17/08/2017 um 21:08
vom benutzer yevishere
Veröffentlicht am 18/08/2017 um 20:59
vom benutzer tedtoal
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31
Bracket Ausgabe in snakemake Cluster-Befehl
Veröffentlicht am 18/08/2017 um 21:42
vom benutzer yevishere
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53
Workflow-Abschaltung
Veröffentlicht am 19/08/2017 um 04:58
vom benutzer domino55
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35
MissingOutputException mit Python 3 und ReportLab
Veröffentlicht am 21/08/2017 um 10:47
vom benutzer merella.stefania
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306
SnakeMake Regel mit Python-Skript, Conda und Cluster
Veröffentlicht am 21/08/2017 um 16:15
vom benutzer Alistair Miles




Veröffentlicht am 21/08/2017 um 20:42
vom benutzer yevishere
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Speichern des Ergebnisses eines Shell-Befehl
Veröffentlicht am 28/08/2017 um 09:01
vom benutzer khikho
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105
Die Verwendung von argparse in Snakemake Skript
Veröffentlicht am 30/08/2017 um 23:57
vom benutzer JeeYem
Veröffentlicht am 31/08/2017 um 20:44
vom benutzer tedtoal
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39
Jede Pfadanalyse in schlangenartig geschrieben
Veröffentlicht am 31/08/2017 um 22:54
vom benutzer user977828
Veröffentlicht am 05/09/2017 um 22:00
vom benutzer tedtoal
Veröffentlicht am 06/09/2017 um 03:57
vom benutzer mitoRibo
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Snakemake Befehl touch
Veröffentlicht am 06/09/2017 um 10:13
vom benutzer mau_who
Veröffentlicht am 08/09/2017 um 16:32
vom benutzer hardingnj
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Proxy-Datei auf snakemake Code
Veröffentlicht am 11/09/2017 um 14:11
vom benutzer mau_who
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Mehrere "params" in Snakemake Datei
Veröffentlicht am 13/09/2017 um 10:00
vom benutzer Michael Schubert
Veröffentlicht am 13/09/2017 um 13:06
vom benutzer Michael Schubert
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Snakemake: Regel erzeugen seltsame Ergebnisse
Veröffentlicht am 19/09/2017 um 12:53
vom benutzer user4249654
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snakemake wie Paar analisys zu kodieren
Veröffentlicht am 19/09/2017 um 21:56
vom benutzer mau_who
Veröffentlicht am 25/09/2017 um 06:25
vom benutzer tedtoal
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Snakemake Regeln
Veröffentlicht am 25/09/2017 um 06:43
vom benutzer jk_kim
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snakemake verwalten Paar Probe und indelrealigner
Veröffentlicht am 25/09/2017 um 20:18
vom benutzer mau_who
Veröffentlicht am 26/09/2017 um 12:51
vom benutzer mgalardini
Veröffentlicht am 26/09/2017 um 13:36
vom benutzer Rewati Tappu
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Eingangs Wildcard Constraints Snakemake
Veröffentlicht am 01/10/2017 um 00:58
vom benutzer Mike Dacre
Veröffentlicht am 02/10/2017 um 15:45
vom benutzer hardingnj
Veröffentlicht am 04/10/2017 um 01:24
vom benutzer bwubb
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148
Handhabung SIGPIPE Fehler in snakemake
Veröffentlicht am 04/10/2017 um 15:56
vom benutzer dariober
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57
Zeitlatenz für snakemake
Veröffentlicht am 06/10/2017 um 12:00
vom benutzer mau_who
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41
Kann Snakemake pro-Probe Ausführung priorisieren?
Veröffentlicht am 08/10/2017 um 17:12
vom benutzer sharchaea
Veröffentlicht am 08/10/2017 um 22:50
vom benutzer tedtoal
Veröffentlicht am 12/10/2017 um 16:25
vom benutzer David M
Veröffentlicht am 13/10/2017 um 16:08
vom benutzer bwubb
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122
Bedeutung der Benchmark-Variablen in snakemake
Veröffentlicht am 18/10/2017 um 15:03
vom benutzer bli
Veröffentlicht am 19/10/2017 um 07:17
vom benutzer Kim
Veröffentlicht am 20/10/2017 um 19:23
vom benutzer Sajber
Veröffentlicht am 20/10/2017 um 20:14
vom benutzer Colin
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134
SLURM / erzeugt Sbatch viele kleine Ausgabedateien
Veröffentlicht am 24/10/2017 um 10:32
vom benutzer Sajber
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Rekursion / Looping von Regeln in snakemake
Veröffentlicht am 26/10/2017 um 06:38
vom benutzer Cerikson
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151
Wie Umwelt pro Regel in snakemake zu benutzen?
Veröffentlicht am 26/10/2017 um 07:43
vom benutzer A. Fust
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24
Ignorieren / No-use-Cluster für bestimmte Regeln
Veröffentlicht am 27/10/2017 um 13:03
vom benutzer bwubb
Veröffentlicht am 03/11/2017 um 02:44
vom benutzer SlowLearner
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45
snakemake Filterung dynamische Dateien
Veröffentlicht am 03/11/2017 um 10:23
vom benutzer Fenrir
Veröffentlicht am 03/11/2017 um 18:22
vom benutzer bli
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115
snakemake: Platzhalter ändern sich in Eingabefunktion
Veröffentlicht am 07/11/2017 um 02:21
vom benutzer Cerikson
Veröffentlicht am 07/11/2017 um 15:03
vom benutzer ezhao15
Veröffentlicht am 09/11/2017 um 21:47
vom benutzer mau_who
Veröffentlicht am 10/11/2017 um 04:16
vom benutzer tedtoal
Veröffentlicht am 12/11/2017 um 12:44
vom benutzer pirovc
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180
mit Conda Umgebungen in einfachen snakemake Workflows
Veröffentlicht am 13/11/2017 um 15:15
vom benutzer Carlus
Veröffentlicht am 13/11/2017 um 16:32
vom benutzer Carlus
Veröffentlicht am 15/11/2017 um 20:12
vom benutzer JeeYem
Veröffentlicht am 15/11/2017 um 23:46
vom benutzer dugar
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23
Aktivieren der Optionen in snakefile
Veröffentlicht am 20/11/2017 um 17:52
vom benutzer tedtoal
Veröffentlicht am 20/11/2017 um 23:13
vom benutzer Barry Moore




Veröffentlicht am 21/11/2017 um 14:20
vom benutzer Kamil S Jaron
Veröffentlicht am 24/11/2017 um 09:57
vom benutzer rioualen
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36
Wie Job-ID in der Regel Shell-Skript entsprechen
Veröffentlicht am 29/11/2017 um 14:50
vom benutzer l0o0
Veröffentlicht am 01/12/2017 um 19:49
vom benutzer JeeYem
Veröffentlicht am 04/12/2017 um 14:55
vom benutzer fiona
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103
wie man Platzhalter in Regeln, Snakemake
Veröffentlicht am 04/12/2017 um 19:52
vom benutzer Yan W.
Veröffentlicht am 05/12/2017 um 04:14
vom benutzer Hirak Sarkar
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34
Zu viele Dateien in `.snakemake` Ordner
Veröffentlicht am 12/12/2017 um 12:24
vom benutzer Jan Schreiber
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21
wie Sie das richtige Repository finden
Veröffentlicht am 14/12/2017 um 01:56
vom benutzer Anlin Li
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65
Snakemake eine Wildcard und auch erweitern
Veröffentlicht am 18/12/2017 um 16:36
vom benutzer par
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32
Snakemake: zurück und säubern Temp (Dateien)
Veröffentlicht am 19/12/2017 um 14:29
vom benutzer Jonathan Manning
Veröffentlicht am 19/12/2017 um 19:33
vom benutzer Bharat
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snakemake verschiedenen Umgebungen pro Subworkflow
Veröffentlicht am 22/12/2017 um 09:32
vom benutzer Tjitske
Veröffentlicht am 28/12/2017 um 06:29
vom benutzer Daniel Standage
Veröffentlicht am 28/12/2017 um 14:15
vom benutzer rioualen
Veröffentlicht am 05/01/2018 um 08:37
vom benutzer Anlin Li
Veröffentlicht am 05/01/2018 um 11:05
vom benutzer rioualen
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92
Fehlende Platzhalter in S4 snakemake Objekt in R
Veröffentlicht am 05/01/2018 um 17:08
vom benutzer Patrick Roelli
Veröffentlicht am 09/01/2018 um 12:18
vom benutzer Chris
Veröffentlicht am 09/01/2018 um 18:16
vom benutzer fakechek
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63
rule nicht von snakemake abgeholt
Veröffentlicht am 10/01/2018 um 15:29
vom benutzer yahan
Veröffentlicht am 11/01/2018 um 21:16
vom benutzer user1973192
Veröffentlicht am 15/01/2018 um 13:00
vom benutzer Julien Lagarde
Veröffentlicht am 19/01/2018 um 15:57
vom benutzer Uri Laserson
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49
Lambda-Ausdruck auf Eingabeargumente
Veröffentlicht am 21/01/2018 um 16:16
vom benutzer khikho
Veröffentlicht am 24/01/2018 um 04:18
vom benutzer Andreas
Veröffentlicht am 24/01/2018 um 14:03
vom benutzer tfenne
Veröffentlicht am 25/01/2018 um 09:55
vom benutzer yahan
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Snakemake: R-Skript fehlschlägt (fast) sofort
Veröffentlicht am 25/01/2018 um 10:17
vom benutzer fakechek
Veröffentlicht am 25/01/2018 um 13:03
vom benutzer bapors
Veröffentlicht am 25/01/2018 um 19:50
vom benutzer seandavi
Veröffentlicht am 28/01/2018 um 16:35
vom benutzer Lucas van Dijk
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55
Snakemake Speicher zu begrenzen
Veröffentlicht am 31/01/2018 um 12:33
vom benutzer bapors
Veröffentlicht am 01/02/2018 um 03:00
vom benutzer Mike Dacre
Veröffentlicht am 01/02/2018 um 17:07
vom benutzer anilbey
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Snakemake: Multi-Level-json Parsing
Veröffentlicht am 06/02/2018 um 09:24
vom benutzer Nicolas Rosewick
Veröffentlicht am 07/02/2018 um 17:30
vom benutzer user9328894
Veröffentlicht am 07/02/2018 um 19:02
vom benutzer Thomas Moody
Veröffentlicht am 08/02/2018 um 12:37
vom benutzer anilbey
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InputFunctionException mit KeyError
Veröffentlicht am 09/02/2018 um 16:08
vom benutzer user3015703
Veröffentlicht am 09/02/2018 um 20:34
vom benutzer K.Lai
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snakemake Eingabefunktion seltsame Ergebnisse
Veröffentlicht am 09/02/2018 um 20:36
vom benutzer mau_who
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Snakemake: Fehler mit unexisting Wildcard
Veröffentlicht am 12/02/2018 um 13:35
vom benutzer Nicolas Rosewick
Veröffentlicht am 14/02/2018 um 10:03
vom benutzer user9328894
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snakemake Gruppe Dateien zusammen mit Wildcard
Veröffentlicht am 14/02/2018 um 11:32
vom benutzer Nicolas Rosewick
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hierarchische dynamische Ausgabe in snakemake
Veröffentlicht am 15/02/2018 um 12:08
vom benutzer kiero
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Snakemake nicht schön mit wget spielen
Veröffentlicht am 16/02/2018 um 00:35
vom benutzer conchoecia
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Snakemake: wie wörtliche Registerkarte ändern
Veröffentlicht am 20/02/2018 um 15:21
vom benutzer Nicolas Rosewick
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Erstellen Sie manuell snakemake Platzhalter
Veröffentlicht am 21/02/2018 um 15:09
vom benutzer fakechek

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