Fragen mit dem Tag [snakemake]

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Emacs-Modus für snakemake?
Veröffentlicht am 15/06/2013 um 20:08
vom benutzer user2489449
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Ungültige Zeiger und Variable nicht definiert Fehler
Veröffentlicht am 11/08/2015 um 10:03
vom benutzer Marcel M
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Probleme mit Pandas installieren - mehrere Versionen von Python läuft
Veröffentlicht am 24/08/2015 um 10:52
vom benutzer rioualen
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Looping durch Listen von Dateien mit bash - Syntaxfehler
Veröffentlicht am 31/08/2015 um 14:40
vom benutzer rioualen
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Immer laufen Regel in Snakefile (snakemake)
Veröffentlicht am 08/04/2016 um 10:05
vom benutzer Chris
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Pipeline Programmierung parallel
Veröffentlicht am 17/06/2016 um 18:21
vom benutzer VickiT05
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Prozess mehrere Verzeichnisse und alle Dateien innerhalb snakemake mit
Veröffentlicht am 21/06/2016 um 20:27
vom benutzer VickiT05
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Re-write schreibgeschützte Datei
Veröffentlicht am 29/06/2016 um 13:04
vom benutzer VickiT05
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Ist es möglich, zu erhalten yapf Teile einer Datei zu ignorieren?
Veröffentlicht am 08/07/2016 um 07:49
vom benutzer The Unfun Cat
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Warum Einstellung `wildcard_constraints` in einem snakefile verhindert das Löschen von Dateien` temp` gekennzeichnet?
Veröffentlicht am 26/10/2016 um 11:12
vom benutzer bli
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Wie ein Teil erweitert in Snakemake zu tun?
Veröffentlicht am 03/11/2016 um 09:37
vom benutzer bli
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Kann snakemake Zweideutigkeit vermeiden, wenn zwei verschiedene Regelpfade einen bestimmten Ausgang erzeugen kann?
Veröffentlicht am 09/11/2016 um 15:19
vom benutzer bli
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Mit „snakemake --config“ Flags auf einen Befehl zu übergeben
Veröffentlicht am 09/11/2016 um 15:53
vom benutzer user3213137
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Snakemake: Name Regel statt Zieldatei
Veröffentlicht am 10/11/2016 um 23:08
vom benutzer blaurent
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Wie explizite und implizite Regeln in Snakemake auszudrücken?
Veröffentlicht am 13/11/2016 um 10:13
vom benutzer Stephan
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Zugriff auf Log-Dateien von snakemake Regeln erstellt
Veröffentlicht am 15/11/2016 um 05:49
vom benutzer Andreas
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Wie kann ich eine Zeichenfolge in der Konfigurationsdatei in den Ausgabeabschnitt passieren?
Veröffentlicht am 18/11/2016 um 00:27
vom benutzer olala
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snakemake: Wie mit variabler Anzahl der Ausgabe von der Regel behandeln
Veröffentlicht am 18/11/2016 um 21:04
vom benutzer olala
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Bioconda: simulate-travis.py schlägt fehl, weil api nicht aus conda_build importiert werden können
Veröffentlicht am 21/11/2016 um 02:28
vom benutzer Andreas
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Verhindern snakemake aus machen Ausgabeverzeichnis
Veröffentlicht am 21/11/2016 um 21:36
vom benutzer Harold
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bioconda: Keine solche Datei oder das Verzeichnis verrührten-build
Veröffentlicht am 22/11/2016 um 15:39
vom benutzer Andreas
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Snakemake Cluster-Konfiguration in Kombination mit DRMMA
Veröffentlicht am 23/11/2016 um 16:43
vom benutzer fitziano
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Snakemake: Abhängigkeiten, die nicht eingegeben werden
Veröffentlicht am 25/11/2016 um 10:27
vom benutzer blaurent
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Snakemake beklagt es die Datei nicht finden kann, es soll in einem Lauf Anweisung erstellen
Veröffentlicht am 02/12/2016 um 16:09
vom benutzer bli
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snakemake: Gibt es eine Möglichkeit, ein Ausgabeverzeichnis für jede Regel angeben?
Veröffentlicht am 02/12/2016 um 21:40
vom benutzer olala
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Aktuelle Regel Name in Snakemake
Veröffentlicht am 05/12/2016 um 13:59
vom benutzer glihm
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Snakemake: entfernen Ausgabedatei
Veröffentlicht am 06/12/2016 um 13:30
vom benutzer blaurent
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Die Wiederverwendung von in der Regel in Snakemake
Veröffentlicht am 06/12/2016 um 16:17
vom benutzer glihm
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Installieren snakemake ohne Internet
Veröffentlicht am 11/12/2016 um 18:36
vom benutzer MichelleN
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Snakemake + tmux
Veröffentlicht am 11/12/2016 um 19:26
vom benutzer domino55
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snakemake LSF Fragen
Veröffentlicht am 13/12/2016 um 12:38
vom benutzer naamako
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Snakemake best practice für Demultiplexing
Veröffentlicht am 14/12/2016 um 05:57
vom benutzer kdmurrray91
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Wie benutzt man in snakemake zu erweitern, wenn einige bestimmte Kombinationen von Wildcards sind nicht erwünscht?
Veröffentlicht am 16/12/2016 um 13:31
vom benutzer bli
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Elegant umgehen Proben mit nicht genügend Daten in Workflow?
Veröffentlicht am 20/12/2016 um 19:57
vom benutzer Jon
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Definition von Funktionen für Geany „Dateityp“
Veröffentlicht am 04/01/2017 um 13:59
vom benutzer Gil Hornung
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Mit Regex in snakemake Platzhalter
Veröffentlicht am 04/01/2017 um 14:07
vom benutzer rioualen
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Erzeugen einer parametrisierte Anzahl von Output für eine snakemake Regel
Veröffentlicht am 12/01/2017 um 17:49
vom benutzer vtrubets
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Weltweit Last R Bibliotheken in Snakemake
Veröffentlicht am 13/01/2017 um 17:01
vom benutzer Zuup
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Wie das Arbeitsverzeichnis Pfad zu bekommen?
Veröffentlicht am 16/01/2017 um 11:52
vom benutzer rioualen
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307
Batch-Verarbeitung: GNU-make, Snakemake oder was?
Veröffentlicht am 17/01/2017 um 13:55
vom benutzer Robyc
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verwenden, um mehrere Parameter in snakemake
Veröffentlicht am 20/01/2017 um 16:16
vom benutzer Kam Sen
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247
Snakemake: Zufällige Reihenfolge der Platzhalter in Platzhalter Liste
Veröffentlicht am 27/01/2017 um 16:40
vom benutzer Zuup
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Re-Use-Regeln und vermeiden CyclicGraphException mit snakemake
Veröffentlicht am 15/02/2017 um 16:08
vom benutzer bli
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Snakemake: mit regex in expand ()
Veröffentlicht am 21/02/2017 um 10:44
vom benutzer Zuup
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Snakemake: MissingInputException in snakemake Pipeline
Veröffentlicht am 06/03/2017 um 15:42
vom benutzer Mesmer
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Wie den Basisnamen der Wildcard-Werte in der snakemake Ausgang Regel zu bekommen?
Veröffentlicht am 08/03/2017 um 15:27
vom benutzer Veera
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Sind Dateien im Log-Abschnitt einer snakemake Regel viel anders als die, die im Ausgangsbereich definiert definiert?
Veröffentlicht am 16/03/2017 um 14:21
vom benutzer bli
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155
wie Wild Card Argumente zu übergeben Skript in snakefile Perl?
Veröffentlicht am 16/03/2017 um 15:36
vom benutzer lvw
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Reduzieren Sie die Menge von Eingangs Dateien dynamisch während eines snakemake Lauf
Veröffentlicht am 17/03/2017 um 07:55
vom benutzer Kolja
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`Block in snakemake Reset Config-Wert run`?
Veröffentlicht am 22/03/2017 um 05:56
vom benutzer RNA
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Snakemake löscht die temporären Dateien vorzeitig, während bei laufendem --immediate einreichen Option
Veröffentlicht am 24/03/2017 um 18:18
vom benutzer Veera




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Die Umsetzung Wie in snakemake erweitern zu verwenden, wenn einige bestimmte Kombinationen von Wildcards sind nicht erwünscht?
Veröffentlicht am 28/03/2017 um 15:14
vom benutzer lvw
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wie für den Zugriff auf Platzhalter in einem Kunden-Wrapper in snakemake
Veröffentlicht am 30/03/2017 um 16:51
vom benutzer crazyhottommy
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Subprocess: Kann nicht ‚_io.BufferedReader‘ Objekt konvertieren implizit auf str
Veröffentlicht am 10/04/2017 um 16:01
vom benutzer Zen
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Fehler: „Attribut‚m_numa_nodes‘ist kein Integer-Wert.“ beim Ausführen eines qsub snakemake
Veröffentlicht am 12/04/2017 um 15:00
vom benutzer msakya
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63
Snakemake: Proben mit Unterpunkten, wie sie fangen?
Veröffentlicht am 07/05/2017 um 14:43
vom benutzer hetica
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Snakemake: Sub-Workflow-Fehler auf, wenn in LSF-Cluster Ausführung
Veröffentlicht am 11/05/2017 um 11:22
vom benutzer tdido
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Snakemake SGE Cluster Submission Ausgabe
Veröffentlicht am 16/05/2017 um 20:56
vom benutzer x.Doan
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Erste Sequenz basierend auf Locus-Tag-ID - SnakeMake
Veröffentlicht am 23/05/2017 um 10:03
vom benutzer Anna Jeanine
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Einstellen der SGE Cluster Jobnamen mit Snakemake während DRMAA mit?
Veröffentlicht am 25/05/2017 um 01:54
vom benutzer TBoyarski
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Wie Erstellen von Workflows geeignet für den Vertrieb in Python
Veröffentlicht am 25/05/2017 um 08:22
vom benutzer user3015703
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Mit pyenv in einer snakemake Regel
Veröffentlicht am 01/06/2017 um 19:55
vom benutzer rbrisk
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43
‚~‘ (AKA Tilde) in Eingangs Direktive scheint nicht zu arbeiten?
Veröffentlicht am 08/06/2017 um 00:02
vom benutzer TBoyarski
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MissinOutputException in snakemake
Veröffentlicht am 09/06/2017 um 08:32
vom benutzer Jokhe
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511
Mehrere Ein- und Ausgänge in einer einzigen Regel Snakemake Datei
Veröffentlicht am 15/06/2017 um 07:23
vom benutzer user3015703
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Thread.py Fehler snakemake
Veröffentlicht am 18/06/2017 um 14:35
vom benutzer user3015703
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237
in snakemake ‚keine Werte für Platzhalter Fehler gegeben‘
Veröffentlicht am 22/06/2017 um 14:24
vom benutzer user3015703
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108
Wie cluster_config dict in der Regel zugreifen?
Veröffentlicht am 27/06/2017 um 16:52
vom benutzer Jon
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Bleiben Sie auf Remote-S3 RemoteProvider
Veröffentlicht am 27/06/2017 um 16:56
vom benutzer K.Lai
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467
dynamische Ausgabe in snakemake
Veröffentlicht am 29/06/2017 um 01:16
vom benutzer ate50eggs
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snakemake - Ausgang ein nur aus mehreren Eingabedateien in einer Regel-Datei
Veröffentlicht am 04/07/2017 um 14:04
vom benutzer Alexandre.S
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Snakemake: Wrapper-Befehlsprotokollierung
Veröffentlicht am 12/07/2017 um 01:04
vom benutzer sebio
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Standardspeicheranforderung mit der Möglichkeit der Überschreibung in einem Snakefile?
Veröffentlicht am 14/07/2017 um 21:26
vom benutzer Bruno Grande
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wie eine Funktion unter snakemake Laufe Richtlinie passieren
Veröffentlicht am 21/07/2017 um 20:09
vom benutzer Vivek-Bh
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snakemake yaml configuation für gepaarten BWA align
Veröffentlicht am 25/07/2017 um 13:13
vom benutzer mau_who
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108
Das Verständnis und die Überwindung der AmbiguousRuleException in snakemake
Veröffentlicht am 26/07/2017 um 16:58
vom benutzer bli
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49
tkinter Runtime bei der Verwendung von matplotlib in einem snakemake Workflow (kein GUI erforderlich)
Veröffentlicht am 28/07/2017 um 13:34
vom benutzer bli
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verketteten Parameter in SnakeMake
Veröffentlicht am 28/07/2017 um 21:18
vom benutzer tedtoal
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142
snakemake fusionieren BAM-Datei nach BWA Ausrichtung von 2 oder mehr Fahrspuren
Veröffentlicht am 01/08/2017 um 16:20
vom benutzer mau_who
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Wie Regeln für die Software-Version spezifischen Shell Anrufe zu schreiben? (Eg samtools 1.3.1 und 0.1.18)
Veröffentlicht am 03/08/2017 um 02:20
vom benutzer TBoyarski
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64
Wo berichten Vorschläge für SnakeMake
Veröffentlicht am 03/08/2017 um 18:51
vom benutzer tedtoal
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204
Syntax für die Verwendung von Konfigurationsdaten in Regeln
Veröffentlicht am 03/08/2017 um 20:34
vom benutzer tedtoal
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snakemake Platzhalter oder Befehl erweitern
Veröffentlicht am 04/08/2017 um 13:49
vom benutzer mau_who
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121
snakemake Zugriffs config in Ausgangs
Veröffentlicht am 04/08/2017 um 18:16
vom benutzer Matt
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788
Empfohlene Möglichkeit, mehr Shell-Befehle mit Shell zu tun ()
Veröffentlicht am 07/08/2017 um 18:44
vom benutzer tedtoal
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32
Wie wird snakemake Skriptnamen zugegriffen?
Veröffentlicht am 07/08/2017 um 22:33
vom benutzer tedtoal
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66
Snakemake: Fehler beim Laden von Shared Libraries - MSUB
Veröffentlicht am 08/08/2017 um 16:39
vom benutzer Zuup
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383
Kann Konfigurationsparameterwerte Strings mit snakemake {<name>} Werte interpoliert / erweitert werden?
Veröffentlicht am 08/08/2017 um 20:09
vom benutzer tedtoal
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44
snakemake verstehen auf Ausrichtungsbefehl yaml Interpretation
Veröffentlicht am 09/08/2017 um 10:37
vom benutzer mau_who
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89
Snakemake: dynamic + nicht dynamischer Ausgang
Veröffentlicht am 09/08/2017 um 20:10
vom benutzer Sean Colby
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80
Was sind snakemake Metadatendateien? Wann kann ich die löschen?
Veröffentlicht am 10/08/2017 um 08:09
vom benutzer bli
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99
Was wäre eine elegante Art und Weise zu verhindern, snakemake von Versagen bei Shell / R Fehler sein?
Veröffentlicht am 10/08/2017 um 12:33
vom benutzer rioualen
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81
Gibt es eine Möglichkeit zu Kette snakemake Regeln ohne Touch-Dateien?
Veröffentlicht am 10/08/2017 um 23:44
vom benutzer tedtoal
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25
Snakemake: Referenzierung Ausgabe über Eltern in rekursiven Unter Workflow-Szenario
Veröffentlicht am 16/08/2017 um 13:56
vom benutzer tdido
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99
Snakemake: Allgemeineingabefunktion für verschiedene Speicherorte
Veröffentlicht am 17/08/2017 um 06:39
vom benutzer Jan Schreiber
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26
Snakemake und Wolkenbildung mit lokalen Clusterfehler scratch space
Veröffentlicht am 17/08/2017 um 21:08
vom benutzer yevishere
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13
SnakeMake: Wie bestimmen, ob als erste Aufgabe ausgeführt wird oder nachgereicht Job?
Veröffentlicht am 18/08/2017 um 20:59
vom benutzer tedtoal
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31
Bracket Ausgabe in snakemake Cluster-Befehl
Veröffentlicht am 18/08/2017 um 21:42
vom benutzer yevishere
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53
Workflow-Abschaltung
Veröffentlicht am 19/08/2017 um 04:58
vom benutzer domino55
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MissingOutputException mit Python 3 und ReportLab
Veröffentlicht am 21/08/2017 um 10:47
vom benutzer merella.stefania
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306
SnakeMake Regel mit Python-Skript, Conda und Cluster
Veröffentlicht am 21/08/2017 um 16:15
vom benutzer Alistair Miles




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130
Wie Dateien aus Unterverzeichnissen sammeln Arbeitsplätze in Snakemake laufen?
Veröffentlicht am 21/08/2017 um 20:42
vom benutzer yevishere
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85
Speichern des Ergebnisses eines Shell-Befehl
Veröffentlicht am 28/08/2017 um 09:01
vom benutzer khikho
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105
Die Verwendung von argparse in Snakemake Skript
Veröffentlicht am 30/08/2017 um 23:57
vom benutzer JeeYem
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135
Kann SnakeMake erneut ausführen Regeln gezwungen werden, wenn Dateien fehlen
Veröffentlicht am 31/08/2017 um 20:44
vom benutzer tedtoal
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39
Jede Pfadanalyse in schlangenartig geschrieben
Veröffentlicht am 31/08/2017 um 22:54
vom benutzer user977828
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41
Kann Objekt der Ausgabedatei zu einer Eingabefunktion in SnakeMake übergeben werden?
Veröffentlicht am 05/09/2017 um 22:00
vom benutzer tedtoal
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leicht unterschiedliche Eingänge zu akzeptieren Regel snakemake (.fq vs .fq.gz)
Veröffentlicht am 06/09/2017 um 03:57
vom benutzer mitoRibo
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Snakemake Befehl touch
Veröffentlicht am 06/09/2017 um 10:13
vom benutzer mau_who
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93
Viele Eingänge auf einen Ausgang, Zugang Platzhalter in Eingabedateien
Veröffentlicht am 08/09/2017 um 16:32
vom benutzer hardingnj
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37
Proxy-Datei auf snakemake Code
Veröffentlicht am 11/09/2017 um 14:11
vom benutzer mau_who
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Mehrere "params" in Snakemake Datei
Veröffentlicht am 13/09/2017 um 10:00
vom benutzer Michael Schubert
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Wie eine einfache Zielmuster Regel übersetzen snakemake?
Veröffentlicht am 13/09/2017 um 13:06
vom benutzer Michael Schubert
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50
Snakemake: Regel erzeugen seltsame Ergebnisse
Veröffentlicht am 19/09/2017 um 12:53
vom benutzer user4249654
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snakemake wie Paar analisys zu kodieren
Veröffentlicht am 19/09/2017 um 21:56
vom benutzer mau_who
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132
Snakemake absolute Dateipfade nicht in der Regel erkannt, wenn Pfaddatei als Ziel angegeben
Veröffentlicht am 25/09/2017 um 06:25
vom benutzer tedtoal
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Snakemake Regeln
Veröffentlicht am 25/09/2017 um 06:43
vom benutzer jk_kim
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snakemake verwalten Paar Probe und indelrealigner
Veröffentlicht am 25/09/2017 um 20:18
vom benutzer mau_who
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Wie einfach String-Operationen in snakemake Ausgabe auszuführen
Veröffentlicht am 26/09/2017 um 12:51
vom benutzer mgalardini
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Snakemake: CalledProcessError wenn BWA läuft auf mehreren Dateien
Veröffentlicht am 26/09/2017 um 13:36
vom benutzer Rewati Tappu
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Eingangs Wildcard Constraints Snakemake
Veröffentlicht am 01/10/2017 um 00:58
vom benutzer Mike Dacre
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snakemake: Lesen Befehlszeilenargumente von Eingabedateien
Veröffentlicht am 02/10/2017 um 15:45
vom benutzer hardingnj
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Snakemake MissingOutputException latenz warten ignoriert
Veröffentlicht am 04/10/2017 um 01:24
vom benutzer bwubb
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Handhabung SIGPIPE Fehler in snakemake
Veröffentlicht am 04/10/2017 um 15:56
vom benutzer dariober
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Zeitlatenz für snakemake
Veröffentlicht am 06/10/2017 um 12:00
vom benutzer mau_who
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Kann Snakemake pro-Probe Ausführung priorisieren?
Veröffentlicht am 08/10/2017 um 17:12
vom benutzer sharchaea
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Ist Snakemake params Funktion vor Eingabedatei Existenz ausgewertet?
Veröffentlicht am 08/10/2017 um 22:50
vom benutzer tedtoal
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Snakemake: Wie verwende ich eine Funktion, die in einem Platzhalter hat und einen Wert zurückgibt?
Veröffentlicht am 12/10/2017 um 16:25
vom benutzer David M
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‚__default__‘ Werte richtig Zugriff auf cluster_config
Veröffentlicht am 13/10/2017 um 16:08
vom benutzer bwubb
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Bedeutung der Benchmark-Variablen in snakemake
Veröffentlicht am 18/10/2017 um 15:03
vom benutzer bli
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Ist snakemake das richtige Werkzeug für den Umgang mit Ausgang vermittelten Workflows verwenden
Veröffentlicht am 19/10/2017 um 07:17
vom benutzer Kim
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Snakemake: Zusammenführen von Eingaben mit verschiedenen Suffixen für gleich Suffix Ausgang
Veröffentlicht am 20/10/2017 um 19:23
vom benutzer Sajber
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Kann nicht diese Regex erhalten für wildcard_constraints in snakemake zu arbeiten
Veröffentlicht am 20/10/2017 um 20:14
vom benutzer Colin
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SLURM / erzeugt Sbatch viele kleine Ausgabedateien
Veröffentlicht am 24/10/2017 um 10:32
vom benutzer Sajber
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Rekursion / Looping von Regeln in snakemake
Veröffentlicht am 26/10/2017 um 06:38
vom benutzer Cerikson
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Wie Umwelt pro Regel in snakemake zu benutzen?
Veröffentlicht am 26/10/2017 um 07:43
vom benutzer A. Fust
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Ignorieren / No-use-Cluster für bestimmte Regeln
Veröffentlicht am 27/10/2017 um 13:03
vom benutzer bwubb
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Regel vs. Befehlszeile Ressourcenspezifikation für die Verwendung im Cluster
Veröffentlicht am 03/11/2017 um 02:44
vom benutzer SlowLearner
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snakemake Filterung dynamische Dateien
Veröffentlicht am 03/11/2017 um 10:23
vom benutzer Fenrir
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‚Eingabedateien‘ Objekt hat kein Attribut <X>, wenn eine Funktion als Eingang für eine snakemake Regel
Veröffentlicht am 03/11/2017 um 18:22
vom benutzer bli
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snakemake: Platzhalter ändern sich in Eingabefunktion
Veröffentlicht am 07/11/2017 um 02:21
vom benutzer Cerikson
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Die Sicherstellung einer Arbeit pro Knoten für eine bestimmte Regel
Veröffentlicht am 07/11/2017 um 15:03
vom benutzer ezhao15
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snakemake: Griff Regel auf falschen Modus auf eine andere Regel verbinden
Veröffentlicht am 09/11/2017 um 21:47
vom benutzer mau_who
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51
Wie kann Snakemake gemacht werden, um Dateien in einer hierarchischen regelbasierten Weise zu aktualisieren, wenn eine neue Datei am unteren Ende der Hierarchie erscheint?
Veröffentlicht am 10/11/2017 um 04:16
vom benutzer tedtoal
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Wie die Conda Umgebung Pfad innerhalb der Regel zu bekommen?
Veröffentlicht am 12/11/2017 um 12:44
vom benutzer pirovc
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mit Conda Umgebungen in einfachen snakemake Workflows
Veröffentlicht am 13/11/2017 um 15:15
vom benutzer Carlus
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Trigger snakemake regel Ausführung unter Bezugnahme db Update
Veröffentlicht am 13/11/2017 um 16:32
vom benutzer Carlus
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Mit Snakefile Variablen in der Konfigurationsdatei [snakemake]
Veröffentlicht am 15/11/2017 um 20:12
vom benutzer JeeYem
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Snakemake auf Cluster, vermeiden eine Regel als Job einreichen
Veröffentlicht am 15/11/2017 um 23:46
vom benutzer dugar
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Aktivieren der Optionen in snakefile
Veröffentlicht am 20/11/2017 um 17:52
vom benutzer tedtoal
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Mehrere Instanzen der Regel mit FTP.remote als Eingabe
Veröffentlicht am 20/11/2017 um 23:13
vom benutzer Barry Moore




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90
Ist es möglich, Befehle anstelle von Regeln in snakemake Trockenlauf drucken?
Veröffentlicht am 21/11/2017 um 14:20
vom benutzer Kamil S Jaron
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39
Wie ein Parameter aus dem configfile zu überschreiben, die nicht auf der ersten Ebene in einem snakemake Anruf?
Veröffentlicht am 24/11/2017 um 09:57
vom benutzer rioualen
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Wie Job-ID in der Regel Shell-Skript entsprechen
Veröffentlicht am 29/11/2017 um 14:50
vom benutzer l0o0
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51
Snakemake - Aufschalten LSF (bsub) Cluster-Konfiguration in der Regel spezifisch
Veröffentlicht am 01/12/2017 um 19:49
vom benutzer JeeYem
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55
snakemake: nicht kompatibel mit r 3.4.0 (create Umgebung)
Veröffentlicht am 04/12/2017 um 14:55
vom benutzer fiona
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wie man Platzhalter in Regeln, Snakemake
Veröffentlicht am 04/12/2017 um 19:52
vom benutzer Yan W.
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Wie die snakemake Shell-Datei zu halten, während in Cluster ausgeführt
Veröffentlicht am 05/12/2017 um 04:14
vom benutzer Hirak Sarkar
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34
Zu viele Dateien in `.snakemake` Ordner
Veröffentlicht am 12/12/2017 um 12:24
vom benutzer Jan Schreiber
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21
wie Sie das richtige Repository finden
Veröffentlicht am 14/12/2017 um 01:56
vom benutzer Anlin Li
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Snakemake eine Wildcard und auch erweitern
Veröffentlicht am 18/12/2017 um 16:36
vom benutzer par
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32
Snakemake: zurück und säubern Temp (Dateien)
Veröffentlicht am 19/12/2017 um 14:29
vom benutzer Jonathan Manning
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192
Verwendung for-Schleife in Regeln und Fehler mit Shell-Befehl Teilen
Veröffentlicht am 19/12/2017 um 19:33
vom benutzer Bharat
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51
snakemake verschiedenen Umgebungen pro Subworkflow
Veröffentlicht am 22/12/2017 um 09:32
vom benutzer Tjitske
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75
Zugriff verschachtelt Konfigurationsvariablen in der Regel
Veröffentlicht am 28/12/2017 um 06:29
vom benutzer Daniel Standage
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146
Kann nicht Python-Modul mit einer Conda Umgebung in Snakemake Regel importieren
Veröffentlicht am 28/12/2017 um 14:15
vom benutzer rioualen
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Snakemake nur Re-Runs Jobs, wenn eine der Eingabedateien neuer als einer der Ausgabedateien ist oder eine der Eingabedateien werden von einem anderen Auftrag aktualisiert werden
Veröffentlicht am 05/01/2018 um 08:37
vom benutzer Anlin Li
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19
Wie configfile eines Sub-Workflow von der übergeordneten Workflow in snakemake zugreifen?
Veröffentlicht am 05/01/2018 um 11:05
vom benutzer rioualen
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Fehlende Platzhalter in S4 snakemake Objekt in R
Veröffentlicht am 05/01/2018 um 17:08
vom benutzer Patrick Roelli
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62
Die Bestimmung in Snakefile ob im Cluster-Modus läuft oder nicht
Veröffentlicht am 09/01/2018 um 12:18
vom benutzer Chris
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Snakemake: Wie speichern und den Zugriff Probe Details in config.yml-Datei?
Veröffentlicht am 09/01/2018 um 18:16
vom benutzer fakechek
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rule nicht von snakemake abgeholt
Veröffentlicht am 10/01/2018 um 15:29
vom benutzer yahan
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Abhilfe für alle Regel und `rules.rule_A.output.output_X` Syntax
Veröffentlicht am 11/01/2018 um 21:16
vom benutzer user1973192
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Wie benutzt man in snakemake zu erweitern, wenn einige Kombinationen von Wildcards nicht erwünscht sind (Eingabedateien fehlt), mit einem „merge“ -Regel?
Veröffentlicht am 15/01/2018 um 13:00
vom benutzer Julien Lagarde
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Kann snakemake durch Angabe Zwischenausgabedateien mehrdeutigen Regeln lösen?
Veröffentlicht am 19/01/2018 um 15:57
vom benutzer Uri Laserson
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Lambda-Ausdruck auf Eingabeargumente
Veröffentlicht am 21/01/2018 um 16:16
vom benutzer khikho
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40
Snakemake im Cluster-Modus mit --no-Shared-fs: Wie Cluster-Status setzen
Veröffentlicht am 24/01/2018 um 04:18
vom benutzer Andreas
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56
Wie Threads eingestellt basierend auf der Anzahl der Kerne zur Verfügung?
Veröffentlicht am 24/01/2018 um 14:03
vom benutzer tfenne
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basierend auf einem Parameter können snakemake eine Konfigurationsdatei wählen?
Veröffentlicht am 25/01/2018 um 09:55
vom benutzer yahan
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Snakemake: R-Skript fehlschlägt (fast) sofort
Veröffentlicht am 25/01/2018 um 10:17
vom benutzer fakechek
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Die Verwendung mehrerer Dateinamen als Platzhalter in Snakemake
Veröffentlicht am 25/01/2018 um 13:03
vom benutzer bapors
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Wie kann ich „Ressourcen“ während eines snakemake Workflow-Lauf überwachen?
Veröffentlicht am 25/01/2018 um 19:50
vom benutzer seandavi
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63
sh: Befehl nicht gefunden bei der Verwendung von Snakemake Profile
Veröffentlicht am 28/01/2018 um 16:35
vom benutzer Lucas van Dijk
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Snakemake Speicher zu begrenzen
Veröffentlicht am 31/01/2018 um 12:33
vom benutzer bapors
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32
Mit anderen Dateien auf der Basis dynamischer Ausgänge mit gemischten nicht-dynamischen Platzhalter in snakemake
Veröffentlicht am 01/02/2018 um 03:00
vom benutzer Mike Dacre
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45
Snakemake Vorschläge für das Workflow-Design der mehrdeutigen Regeln zu überwinden
Veröffentlicht am 01/02/2018 um 17:07
vom benutzer anilbey
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Snakemake: Multi-Level-json Parsing
Veröffentlicht am 06/02/2018 um 09:24
vom benutzer Nicolas Rosewick
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29
Zwei Variablen mit inkonsistenten Namen als Eingabe für eine Snakemake Regel
Veröffentlicht am 07/02/2018 um 17:30
vom benutzer user9328894
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Q: Ziel Regeln können keine Platzhalter Fehler in Snakemake enthalten - keine Platzhalter in Target?
Veröffentlicht am 07/02/2018 um 19:02
vom benutzer Thomas Moody
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snakemake sowohl Schale I / O-Umleitung und Zugreifen auf snakemake variable Skript
Veröffentlicht am 08/02/2018 um 12:37
vom benutzer anilbey
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InputFunctionException mit KeyError
Veröffentlicht am 09/02/2018 um 16:08
vom benutzer user3015703
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17
Gibt es signifikante Änderungen, wie wir snakemake Regeln S3.remote schreiben sollten, wenn sie von Boto Umstellung auf boto3?
Veröffentlicht am 09/02/2018 um 20:34
vom benutzer K.Lai
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snakemake Eingabefunktion seltsame Ergebnisse
Veröffentlicht am 09/02/2018 um 20:36
vom benutzer mau_who
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58
Snakemake: Fehler mit unexisting Wildcard
Veröffentlicht am 12/02/2018 um 13:35
vom benutzer Nicolas Rosewick
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Herstellung snakemake Verwendung als Eingang 2 Ausgänge einer Regel mit unterschiedlichen Namen
Veröffentlicht am 14/02/2018 um 10:03
vom benutzer user9328894
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snakemake Gruppe Dateien zusammen mit Wildcard
Veröffentlicht am 14/02/2018 um 11:32
vom benutzer Nicolas Rosewick
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hierarchische dynamische Ausgabe in snakemake
Veröffentlicht am 15/02/2018 um 12:08
vom benutzer kiero
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Snakemake nicht schön mit wget spielen
Veröffentlicht am 16/02/2018 um 00:35
vom benutzer conchoecia
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33
Snakemake: wie wörtliche Registerkarte ändern
Veröffentlicht am 20/02/2018 um 15:21
vom benutzer Nicolas Rosewick
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Erstellen Sie manuell snakemake Platzhalter
Veröffentlicht am 21/02/2018 um 15:09
vom benutzer fakechek

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