Ja. Facebook unterstützt Desktop-Anwendungen, aber sie müssen einen speziellen Authentifizierungs-Mechanismus durchlaufen. Im Wesentlichen muss der Benutzer Book über ein Web-Browser-Fenster als Teil des Authentifizierungsprozesses gerichtet wird.
Hier ist die Dokumentation auf dem Authentifizierungsprozess: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Login_Desktop_App
Es ist eine relativ poliert Java - Bibliothek für Facebook hier: http://code.google.com/p/facebook-java-api/
Wenn die Java - Bibliothek nicht oben nicht Ihren Anforderungen entspricht, können Sie eine Implementierung auf eigene Faust bauen. Im Wesentlichen müssen Sie mit dem Facebook - REST - Server kommunizieren, wie hier oben auf der Seite beschrieben: http://wiki.developers.facebook.com/index.php/API
Edit: Nach etwas mehr Forschung tun, ich habe ein paar mehr Ressourcen zur Verfügung zu stellen: Hier ist eine Liste von einigen Anwendungen ist geschrieben in Java für Facebook:
http://wiki.developers.facebook.com/index.php/Facebook_apps_written_in_Java
Und es gibt sogar eine saubere Desktop-Anwendung, die hier Open Source:
http://code.google.com/p/fb-photo-uploader/
Viel Glück!