Snakemake: Runtime Stack-Trace fehlt, wenn Python fileConfig mit ()

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Ich habe eine snakefile mit einer Regel , die einen lokalen Python - Skript importiert und dann wirft ein RuntimeError. Als ich die snakefile laufen, die Stack - Trace für die RuntimeErrornicht dargestellt ist . Der Code und die snakemake Ausgang sind unten gezeigt.

// test.snakefile
rule test_rule:
    run:
        from test import hello
        print(hello)
        raise RuntimeError('raising error')
// test.py
import logging
import os
from logging.config import fileConfig

log_file_path = os.path.join(os.path.dirname(os.path.abspath(__file__)), 'logging_config.ini')
fileConfig(log_file_path)

hello = 'hello'

snakemake Ausgabe:

...
[Mon Jan 13 14:45:54 2020]
rule test_rule:
    jobid: 0

Job counts:
    count   jobs
    1   test_rule
    1
hello
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Allerdings, wenn ich die Zeile auf Kommentar fileConfig(log_file_path)in test.pyund laufen snakemake, die Runtime Stack - Trace wird erwartet gedruckt:

Error in rule test_rule:
    jobid: 0

RuleException:
RuntimeError in line 5 of /my-dir/test.snakefile:
raising error
  File /my-dir/test.snakefile, line 5, in __rule_test_rule
  File /usr/lib/python3.6/concurrent/futures/thread.py, line 56, in run
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Wer weiß, warum dies geschieht?

Veröffentlicht am 14/01/2020 um 00:02
quelle vom benutzer
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